Las funciones de la Dirección General de Auditoría Gubernamental se enfocan en la presentación y ejecución del plan anual de trabajo y de evaluación respecto de las visitas, inspecciones y revisiones para valorar la pertinencia y efectividad de la actuación gubernamental, así como auditorías directas o conjuntas y acciones de vigilancia o supervisión que son dirigidas a las Secretarías, Dependencias y Órganos Desconcentrados que conforman la Administración Pública Estatal Central, y a los Municipios que conforman el Estado de Morelos, que ejerzan recursos federales; respecto de estos últimos en virtud de los Convenios de Coordinación celebrados para verificar el correcto ejercicio y administración de los recursos públicos otorgados al Estado de Morelos.
Así mismo, realiza los informes de resultados y de detección de presuntas responsabilidades originados con motivo de las visitas, inspecciones, supervisión y vigilancia, a fin de remitirlas al área investigadora.