A la Unidad de Fiscalización y Combate a la Corrupción, le corresponde asesorar a la titular de la Secretaría en los asuntos relacionados con los Sistemas Nacional y Estatal Anticorrupción, así como de Fiscalización; someter a su consideración los proyectos de políticas, lineamientos y demás instrumentos de carácter general, como programas, estrategias y acciones específicas que coadyuven al cumplimiento y aplicación de la normativa en combate a la corrupción, así como las propuestas de mecanismos o acciones, en materia de Contraloría Social, para prevenir probables faltas administrativas y hechos de corrupción en los programas sociales, proyectos de infraestructura y de política social.
Coordina a la Dirección General de Auditoría Gubernamental, a la Dirección General de Programas y Contraloría Social y a la Dirección General de Quejas, Denuncias e Investigaciones, para que, en el ámbito de sus atribuciones, ejecuten los planes, programas y acciones en materia anticorrupción.
De igual forma se encarga de proporcionar a las Unidades Administrativas de la Secretaría, la información que se origine en el Sistema Nacional Anticorrupción y en el Sistema Nacional de Fiscalización, que sirva de insumo para la toma de decisiones y proponer su utilización para el fortalecimiento de las políticas, programas y acciones en materia anticorrupción en el ámbito de la Administración Pública Estatal Central, así como fomentar, en coordinación con las Unidades Administrativas de la Secretaría, el acceso de la ciudadanía a los mecanismos de queja, denuncia y de protección a quejosos y denunciantes, respecto de actos que puedan constituir faltas administrativas o hechos de corrupción de forma eficaz y oportuna.