A la Secretaría Técnica, le corresponden las siguientes atribuciones: proporcionar apoyo técnico a la persona titular de la Secretaría, dar cuenta de inmediato de los asuntos que demandan soluciones urgentes conforme a las políticas y lineamientos que esta establezca, así como a las Unidades Administrativas de la Secretaría que así lo soliciten, además de ser el conducto entre el titular de la Dependencia y las personas titulares de las Unidades Administrativas para la atención de sus requerimientos. De igual forma se encarga de evaluar el funcionamiento de las Unidades Administrativas y proponer al Secretario, la instrumentación de mecanismos para aumentar la eficacia de las mismas.
Así mismo, el titular de la Secretaría Técnica tiene la encomienda de coordinar los trabajos de la Secretaría con las Secretarías, Dependencias, Órganos Desconcentrados y Organismos Auxiliares del Gobierno Federal y de los Estados de la Republica; así como con los Municipios y las Secretarías, Dependencias, Entidades y Órganos Desconcentrados del Poder Ejecutivo, además de los Poderes Legislativo y Judicial en el Estado de Morelos;
Una de sus principales funciones es la de fungir como Secretaria Técnica de la Secretaría ante la Comisión Permanente de Contralores Estados-Federación, órgano colegiado que agrupa a los 32 órganos estatales de control del país y es el principal vínculo con la Secretaría de la Función Pública del Gobierno Federal.
Por último, se encarga de coadyuvar al cumplimiento en materia de transparencia, con las Secretarías, Dependencias y Organismos Auxiliares de la Administración Pública Estatal.