Dentro de las funciones de la Unidad de Órganos de Vigilancia se encuentra la coordinación de las Comisarías Públicas del sector paraestatal, y establecer la vinculación con la persona titular de los Organismos Auxiliares; de igual forma establece los mecanismos que permitan a los Comisarios Públicos dar cumplimiento a las políticas, planes, programas y acciones relacionados con los Sistemas Nacional y Estatal Anticorrupción y de Fiscalización.
También puede requerir información y documentación, así como dirigir, evaluar la actuación y desempeño de los Comisarios Públicos, sobre asuntos de su competencia;
Propone y revisa los programas de anuales de trabajo de las Comisarías Públicas, el establecimiento o modificación de las estructuras orgánicas de las Comisarias Públicas, y somete a consideración de la persona titular de la secretaría, la designación o la remoción de los Comisarios Públicos;
Otra de sus funciones principales es la de promover las adecuaciones y mejoras a la normativa, instrumentos y procedimientos de control interno y de auditoría, con el fin de asegurar las políticas y prioridades de la Administración Pública Paraestatal;
Así mismo, determinar con el apoyo de la UEFA de la Secretaría, las necesidades de capacitación de los servidores públicos de la Dirección General, instruye a los Comisarios Públicos para la implementación de las acciones de vigilancia sobre el cumplimiento a las medidas de austeridad y requiere conforme a su competencia, a las Comisarías Públicas de la Administración Pública Paraestatal, el envío de los expedientes respectivos a las quejas y denuncias, cuando por la naturaleza de los hechos, la gravedad del asunto, o cuantía de la afectación, deba conocer la Dirección General, en ejercicio de la facultad de atracción.